Viroïde latent du houblon chez le cannabis : symptômes, tests et lutte

Les cultivateurs parlaient de dudding avant que quiconque en connaisse la cause. Une variété qui donnait bien depuis des années sortait courte et cassante, avec de petites fleurs lâches et peu de résine, alors que les plantes voisines semblaient normales. En 2019, deux équipes californiennes en ont trouvé l’origine : le viroïde latent du houblon (Bektaş et al., 2019 ; Warren et al., 2019). Depuis, il est apparu partout où le cannabis est multiplié par bouturage.

Ce guide explique ce qu’est le viroïde, ce qu’il fait à la culture, comment il circule dans un site, où et quand prélever, ce qui nettoie une lame et à quoi ressemble un programme de lutte. Il distingue aussi les chiffres issus d’expériences de ceux issus de communiqués de presse.

Ce qu’est un viroïde

Un viroïde est le plus petit agent pathogène connu : une boucle fermée d’ARN, sans enveloppe protéique et sans gène codant pour des protéines. Le viroïde latent du houblon, HLVd en abrégé, compte 256 nucléotides. Il a d’abord été décrit chez le houblon, où on l’a trouvé dans le monde entier sans qu’il semble causer de symptômes, d’où le mot latent (Puchta et al., 1988).

Chez le cannabis, il n’est pas inoffensif. Quand des plantes saines ont été inoculées avec une copie clonée du viroïde, elles ont présenté un rabougrissement et des feuilles déformées et jaunissantes, et elles ont été testées positives, contrairement aux plantes témoins ayant reçu une inoculation fictive. C’est la preuve que le viroïde cause la maladie (Warren et al., 2019).

À quoi il ressemble

La difficulté, c’est qu’il ne ressemble souvent à rien. Sur les pieds mères, l’infection est le plus souvent sans symptômes, avec tout au plus un léger enroulement ou des marbrures sur les plus jeunes feuilles. Les symptômes passés inaperçus en salle de croissance apparaissent en général une à trois semaines après le passage en floraison (Buirs et Punja, 2024).

• Au bouturage. Les boutures issues de plantes infectées s’enracinent moins sûrement (Warren et al., 2019).
• En croissance. Feuilles plus petites, entre-nœuds plus courts, moins de vigueur, parfois rien du tout (Adkar-Purushothama et al., 2023).
• En floraison. Plantes rabougries, aux tiges cassantes et aux branches qui poussent vers l’extérieur, et petites fleurs portant moins de trichomes (Bektaş et al., 2019).
• Sur les trichomes. Pieds plus courts et têtes plus petites, qui se ratatinent quand la fleur sèche (Punja et al., 2024a).

Toutes les variétés ne réagissent pas de la même façon. Certaines portent le viroïde sans presque rien montrer, ce qui en fait les plantes les plus dangereuses d’une salle de pieds mères.

Ce qu’il coûte

Les meilleures données de terrain viennent de serres canadiennes. Chez les plantes infectées, les tiges d’inflorescence, les poids frais et les hauteurs de plante étaient inférieurs de 12 à 42 % à ceux des plantes saines, selon le génotype, et les teneurs en THC et en terpènes des fleurs malades étaient significativement plus faibles (Punja et al., 2024a). Dans une comparaison côte à côte de cinq génotypes, le poids frais des fleurs était significativement réduit chez trois et inchangé chez deux (Punja et al., 2024b).

Le houblon fournit les seuls chiffres contrôlés établis de longue date : 35 % de rendement en cônes en moins et 30 % d’acides alpha en moins chez une variété, et aucune perte de rendement significative avec 15 % d’acides alpha en moins chez une autre (Barbara et al., 1990). Le schéma est le même que chez le cannabis : le produit souffre, et pas seulement le poids, et c’est la variété qui décide de l’ampleur.

Les chiffres les plus cités sont moins solides qu’ils n’en ont l’air. Les affirmations selon lesquelles 90 % des sites californiens seraient infectés, la filière perdrait 4 milliards de dollars par an et le THC chuterait de 50 à 70 % viennent des tests qu’une pépinière a réalisés pour ses propres clients et de la presse professionnelle, pas d’études publiées ; une synthèse très citée donne des articles de presse comme source (Adkar-Purushothama et al., 2023). La plus vaste enquête publiée a trouvé le viroïde dans 25,6 % de 15 947 échantillons provenant de neuf provinces canadiennes entre 2020 et 2023, de 5,3 % à 92 % selon la province et l’année (Punja et al., 2024a). Il s’agissait d’échantillons que les cultivateurs avaient choisi d’envoyer : ce n’est donc pas non plus une prévalence, mais c’est un vrai décompte.

Comment il se propage

Les chercheurs qui ont étudié la transmission chez le cannabis classent les voies ainsi : d’abord les boutures infectées, puis les racines infectées et l’eau recirculée (Punja et al., 2025).

• Boutures. Des clones prélevés sur des pieds mères infectés portaient le viroïde à des taux allant jusqu’à 100 % en quatre semaines. Un pied mère infecté, c’est une chaîne de production de plantes infectées.
• Racines et eau. Une bouture saine qui a partagé pendant deux semaines un système de bouturage aéroponique avec une bouture infectée a été infectée. Des plantes saines placées à l’autre bout d’une table à marée l’ont été aussi. La surface des tables, sous les plantes infectées, portait également le viroïde.
• Blessures. La sève d’une plante infectée, déposée sur une coupe fraîche, a atteint les racines en deux à trois semaines et les feuilles en quatre à six ; les symptômes ont suivi vers dix semaines. Chez le houblon, la coupe des tiges a transmis le viroïde plus efficacement que le frottement des plantes entre elles (Adams et al., 1996).
• Graines et pollen. Chez le chanvre, 58 à 84 % des plantules issues de croisements avec un parent infecté étaient positives (Atallah et al., 2024). Dans deux tests sur des graines de cannabis, 14 graines sur 16 et 16 sur 16 étaient positives (Punja et al., 2024b ; Punja et al., 2025). La graine n’est pas, par définition, un départ sain.
• Insectes. Des pucerons nourris sur des plantes infectées ont acquis le viroïde, mais ne l’ont pas transmis à des plantes saines dans le seul essai qui l’a testé (Ong et al., 2025).

Le viroïde semble aussi progresser plus vite une fois les plantes en floraison : dans un petit test, ses niveaux sous 12 heures de lumière étaient plus élevés dans tous les tissus que sous lumière continue, et c’est dans les fleurs qu’ils étaient les plus élevés (Punja et al., 2025). Une plante testée négative en croissance peut être positive en floraison.

Tests : où et quand prélever

Les laboratoires détectent l’ARN du viroïde par RT-PCR, RT-qPCR ou RT-LAMP. Un bon test RT-qPCR détecte une dizaine de copies (Punja et al., 2025). Le point faible n’est pas le test mais l’échantillon, car le viroïde est réparti de façon inégale dans la plante.

Sur des pieds mères de 11 génotypes, 24 échantillons de racines sur 30 étaient positifs, contre 9 échantillons de feuilles sur 30 et 5 échantillons de pétioles sur 15. Aucune plante négative au niveau des racines n’était positive sur une feuille ou un pétiole, alors que beaucoup de plantes positives aux racines étaient négatives dans les parties aériennes (Punja et al., 2024b).

Une deuxième étude est arrivée à la conclusion inverse, avec des feuilles aussi fiables que les racines, mais elle partait de plantes déjà connues comme positives sur un test de feuille : elle ne pouvait donc pas trouver les plantes qu’un test de feuille laisse passer. Elle a en revanche montré que le viroïde s’accumule avec l’âge : le signal dans les feuilles a été multiplié par deux à trois environ entre la cinquième et la dixième semaine, et une plante négative entre cinq et six semaines était positive deux semaines plus tard (Fernandez i Marti et al., 2023).

• Prélevez des racines quand c’est possible, ou plusieurs tissus de la même plante. Une seule feuille en dit peu.
• Testez plus d’une fois. Un résultat négatif sur une jeune plante ne veut pas dire que la plante est saine. La détection la plus précoce a eu lieu dans les racines de boutures enracinées âgées de deux semaines.
• Testez les pieds mères selon un calendrier, ainsi que chaque nouvelle génétique avant son entrée dans la salle des pieds mères.
• Ne vous fiez pas à l’œil. La plupart des pieds mères infectés ont l’air sains, et l’imagerie infrarouge ne les a pas repérés non plus (Buirs et Punja, 2024).

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Nettoyer les outils et les surfaces

L’ARN du viroïde est coriace. Dans la sève, il était encore détectable après une semaine, dans des feuilles et des racines séchées après quatre semaines, et après un chauffage allant jusqu’à 90 °C pendant une demi-heure (Punja et al., 2025). La même étude a testé les produits que les cultivateurs utilisent sur les lames et les tables.

L’eau de Javel a fonctionné : une dilution à 10 % d’un produit à 8,25 %, soit environ 0,8 % d’hypochlorite de sodium, a dégradé l’ARN en deux minutes, et l’acide hypochloreux à 1 000 ppm l’a fait en une. L’éthanol à 70 % n’a rien fait en dix minutes, pas plus que le Virkon ou un produit à base de peroxyde en une minute. Aucun des produits n’a agi sur des morceaux de racine ou de feuille en deux minutes : il faut donc d’abord retirer les débris.

Deux réserves. Ce test mesure si l’ARN peut encore être détecté, pas s’il peut encore infecter une plante. Et pour un viroïde apparenté chez la tomate, où c’est l’infection elle-même qui a été mesurée, une dilution d’eau de Javel à 10 % comme le Virkon à 2 % ont stoppé la transmission en dix secondes (Li et al., 2015) : le résultat du Virkon n’est donc pas tranché. L’eau de Javel est le seul produit qui réussit les deux types de test. Préparez-la fraîchement, essuyez la lame pour la nettoyer, trempez-la entre deux plantes, puis rincez et huilez les outils après usage, car l’eau de Javel corrode l’acier.

Peut-on sauver une variété infectée ?

Parfois. L’extrémité en croissance d’une pousse garde souvent une longueur d’avance sur le viroïde, et une plante régénérée à partir d’un méristème d’environ 0,4 mm peut être indemne. Chez huit génotypes de cannabis, 37 méristèmes sur 91 ont donné des plantes sans viroïde, et le résultat allait d’aucune à toutes selon le génotype (Punja et al., 2025). Les plantes ont été suivies par RT-qPCR pendant six mois avant d’être déclarées indemnes.

La chaleur ou le froid avant la mise en culture peuvent aider. Chez le houblon, des mois de conservation au froid suivis d’une culture de méristèmes ont donné 28 plantes indemnes sur 77 (Adams et al., 1996), et deux semaines à 35 °C ont fait baisser les niveaux de viroïde de 70 à 90 % sans l’éliminer (Matoušek et al., 1995). Chez le cannabis, un traitement par la chaleur associé à la culture de méristèmes a éliminé le viroïde chez 5 variétés sur 13 (Torres et al., 2025). C’est un travail de laboratoire qui prend des mois : il se justifie pour une variété irremplaçable, pas pour une variété que l’on peut racheter saine.

Un programme de lutte

Il n’existe ni pulvérisation ni remède en salle. Lutter, c’est trouver les plantes infectées et les sortir avant qu’elles ne soient multipliées. Un site de culture sous serre a testé ses pieds mères chaque semaine et détruit toutes les plantes positives : en six mois, la part de pieds mères infectés est passée de 22 % à 1 % (Buirs et Punja, 2024).

• Partez d’un matériel sain. Achetez des plants testés, puis mettez en quarantaine et testez chaque nouvelle variété, graines comprises.
• Protégez les pieds mères. Leurs propres outils, leurs propres gants, et aucune irrigation commune avec les plantes de production.
• Testez et éliminez. Les racines, selon un calendrier, et de nouveau avant le prélèvement des boutures. Un pied mère positif est éliminé, avec tout ce qui a été prélevé sur lui.
• Désinfectez entre deux plantes. De l’eau de Javel sur des lames propres, des gants neufs ou un trempage entre deux pieds mères.
• Attention à l’eau. Les systèmes en recirculation et les bacs partagés relient toutes les racines qui s’y trouvent. Retirez les racines mortes et les débris, et désinfectez les bacs et les tables entre deux lots.
• Tenez l’arbre généalogique. Notez de quel pied mère vient chaque lot : un test positif vous dira alors quelles autres plantes contrôler.

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Liste de contrôle HLVd

1. Testez chaque pied mère, sur les racines, et recommencez selon un calendrier fixe.
2. Mettez les nouvelles génétiques en quarantaine et testez-les deux fois, à quelques semaines d’intervalle, avant qu’elles ne rejoignent les pieds mères.
3. Éliminez les plantes positives et les boutures qui en ont été prélevées.
4. Donnez à la salle des pieds mères ses propres outils et désinfectez-les avec de l’eau de Javel fraîchement préparée entre deux plantes.
5. Ne partagez ni systèmes de bouturage, ni bacs, ni eau recirculée entre plantes testées et non testées.
6. Étiquetez chaque lot avec son pied mère et sa date de bouturage.
7. Parcourez les salles de floraison entre la deuxième et la quatrième semaine et testez toute plante qui prend du retard sur ses voisines.

Références

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4. Barbara DJ, Morton A, Adams AN, Green CP (1990). Some effects of hop latent viroid on two cultivars of hop (Humulus lupulus) in the UK. Annals of Applied Biology 117(2):359–366.
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